สโมสรฟุตบอลสมุทรปราการ ยูไนเต็ด ก่อตั้งขึ้นในปี พ.ศ. 2554 โดยนายสายันห์ แสงวงค์ และได้รับสิทธิในการลงแข่งขันในลีกภูมิภาค ดิวิชัน 2 ต่อจากสโมสรฟุตบอลไทยซัมมิทที่ยุบสโมสรไปก่อนหน้านี้

ฤดูกาล 2554 สมุทรปราการ ยูไนเต็ด ลงแข่งขันในลีกภูมิภาค ดิวิชัน 2 เป็นครั้งแรก ในโซนกรุงเทพฯและปริมณฑล โดยมี วันชัย แหยมสลำ เป็นผู้ฝึกสอนคนแรก และใช้ผู้เล่นผสมผสานกันระหว่างผู้เล่นของสโมสรไทยซัมมิท สมุทรปราการที่ยุบทีมไป รวมกับผู้เล่นที่ไม่อยู่ในแผนการทำทีมของสโมสรสมุทรปราการ เอฟซี

โดยสโมสรลงแข่งขันอย่างเป็นทางการเป็นนัดแรกเมื่อวันที่ 26 กุมภาพันธ์ พ.ศ. 2554 ในการแข่งขันลีกภูมิภาค ดิวิชัน 2 นัดที่บุกไปชนะสโมสรฟุตบอลราชวิถี 0–1 ที่สนามกีฬาการเคหะแห่งชาติ คลองจั่น และจัดว่ามีผลงานโดยรวมที่ดีในฤดูกาลแรกที่เข้าร่วมการแข่งขัน โดยสโมสรมีลุ้นทำอันดับเพื่อไปเล่นในรอบแชมป์เปียนส์ลีก แต่กลับพบกับความผิดหวังเมื่อจบฤดูกาลด้วยอันดับที่ 3 ในโซนกรุงเทพฯและปริมณฑล ต้องพลาดโอกาสไปอย่างน่าเสียดาย

นอกจากนี้สโมสรยังได้ลงเล่นในฟุตบอลถ้วยไทยเอฟเอคัพและไทยลีกคัพเป็นปีแรก โดยในการแข่งขันเอฟเอคัพ สโมสรสามารถเอาชนะสระแก้ว ซิตี้ และศุลกากร ได้ในรอบแรกและรอบที่สอง จนมาถึงรอบที่สามที่พบกับเมืองทอง ยูไนเต็ด สโมสรพบกับความพ่ายแพ้ไปอย่างขาดลอยถึง 9–0 และตกรอบไปในที่สุด ส่วนในการแข่งขันโตโยต้า ลีกคัพ 2554 สโมสรตกรอบคัดเลือก รอบแรก โดยแพ้ให้กับสโมสรมหาวิทยาลัยเกษมบัณฑิต